- Intracelular: es generada por células especializadas del propio cuerpo de algunas especies pluricelulares y unicelulares (como dinoflagelados) y cuya luz se emite al exterior a través de la piel. Este tipo de luminiscencia es propia de muchas especies de calamar.
- Extracelular: se da a partir de la reacción entre la luciferina y la luciferasa fuera del organismo (la explicada anteriormente). Una vez sintetizados, ambos componentes se almacenan en glándulas diferentes en la piel o bajo esta. La expulsión y continua mezcla de ambos reactivos en el exterior producen nubes luminosas. Este tipo de luminiscencia es común en bastantes crustáceos y algunos cefalópodos abisales.
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Funciones:
- Alimentación: utilizan su capacidad bioluminiscente con el propósito de atraer a sus presas y obtener alimento.
- Defensa: utilizan su propia luz para escapar de los depredadores (ciertos peces y calamares) confundiendo al atacante en horas diurnas, camuflándose con el brillo solar y difuminando su propia sombra.
- Reproducción: el más conocido es el de las luciérnagas, que intercambian destellos entre machos y hembras con el fin de facilitar su reconocimiento y atraer a la pareja para el apareamiento.